Вход f: Facebook — Выполните вход или зарегистрируйтесь

Российская государственная библиотека

Важная информация

Уважаемые читатели!

РЕЖИМ РАБОТЫ БИБЛИОТЕКИ:

До особого распоряжения в Главном здании РГБ, Доме Пашкова, Центре восточной литературы и корпусе «К» обслуживание пользователей осуществляется в следующем режиме:
понедельник, среда, пятница, суббота — с 9:00 до 17:00,
вторник, четверг — с 12:00 до 20:00.
В Химкинском комплексе:
понедельник, среда, пятница, суббота — с 9:00 до 16:00,
вторник, четверг — с 11:00 до 18:00.
Подробнее

Экспозиция Музея книги и читальный зал НИО редких книг закрыты до 30 ноября в связи с ремонтом.

Заказывать книги и документы необходимо заранее, до прихода в библиотеку. Бумажные требования в настоящее время не принимаются.

Документы можно заказать в электронном каталоге. Количество заказов ограничено. Если нужного документа нет в электронном каталоге, воспользуйтесь формой или позвоните по телефонам отделов. Подробнее

Телефоны для справок о работе библиотеки: +7 (800) 100-57-90,+7 (499) 557-04-70.

С 6 августа временный проход во все читальные залы Дома Пашкова — с Моховой улицы по парадной лестнице около метро «Боровицкая». Вход по читательским билетам.

С 12 июля вступил в силу новый порядок удалённой записи в РГБ. Подробнее

Вход пользователей в библиотеку осуществляется без предварительной записи. Если количество пользователей в читальных залах будет превышать 50 % от общей вместимости залов, библиотека вправе ввести предварительную запись или ограничить вход пользователей до появления свободных мест.

Обслуживание в библиотеке осуществляется в соответствии с Временными правилами пользования РГБ в период действия ограничений.

Полная актуальная информация о работе библиотеки регулярно обновляется на сайте РГБ.
Открыть

Российская государственная библиотека с 17.05.2021 открывает приём обязательного печатного экземпляра диссертаций по адресу: Москва, ул. Воздвиженка, 1.

Передача обязательного экземпляра диссертаций после защиты в РГБ осуществляется:

– печатного экземпляра – путем личной доставки по адресу: Москва, ул. Воздвиженка, 1, или почтовой пересылкой по адресу: 119019, Москва, ул. Воздвиженка, 3/5, отдел диссертаций РГБ.
Приём обязательного экземпляра осуществляется только на основании письма из диссертационного совета с указанием даты прошедшей защиты.
В комплект документов входят:
1 экземпляр диссертации в твёрдом переплёте;
2 экземпляра сопроводительного письма из диссертационного совета с указанием даты защиты (один экземпляр остаётся в Российской государственной библиотеке).

– электронного экземпляра – через систему ОЭК на сайте РГБ oek.rsl.ru

Терминал A

Обслуживание всех рейсов (кроме проведения послеполётного досмотра отдельных рейсов) производится в основном терминале аэропорта — терминале A. Послеполётный досмотр производится в терминале D.

Войти в терминал можно через подземный уровень терминала (напрямую с подземной станции «Аэроэкспресса»), через зону прилёта с уровня земли (с наземного общественного транспорта, с многоэтажных паркингов) или через зону вылета на втором этаже (с автомобильной эстакады, въезд на которую бесплатный).

Обратите внимание, что парковка на эстакаде, ведущей к зоне вылета терминала А запрещена. Так как эстакада является городской улицей общего пользования города Москвы, на ней работают наряды ГИБДД, автомобили автоматической фиксации нарушений правил парковки и эвакуаторы городских служб, а также действуют штрафы в соответствии с Кодексом об административных правонарушениях города Москвы. Аэропорт Внуково не управляет процессом перемещения автомобилей на городские штрафстоянки и не получает средства от уплаты штрафов.

Выход из зоны вылета (второй уровень терминала А) на эстакаду закрыт в целях борьбы с нелегальной парковкой и для уменьшения заторов на подъезде к терминалу. Вы не сможете вернуться к своему автомобилю, если оставите его на эстакаде и войдёте в терминал. Для парковки автомобиля, пожалуйста, воспользуйтесь одной из стоянок аэропорта.

Для входа в терминал A с подземной станции «Аэроэкспресса» необходимо после стеклянных дверей станции повернуть направо. Однако в связи с большим наплывом пассажиров в часы «пик» на входе может образовываться очередь. В этом случае для экономии времени после стеклянных дверей лучше повернуть налево, ещё раз налево, выйти на улицу на привокзальную площадь и войти в терминал через первый этаж.

Регистрация пассажиров производится на втором этаже терминала и автоматически заканчивается за 40 минут до времени отправления рейса, указанного в билете (на рейсы авиакомпании Turkish airlines — за 45 минут). Время начала регистрации зависит от авиакомпании, но не позже, чем за два часа до отправления.

Пожалуйста, не опаздывайте на регистрацию! Сотрудники на стойках регистрации не имеют технической возможности вновь открыть регистрацию после её окончания.

Для экономии вашего времени мы рекомендуем проходить электронную регистрацию на сайте вашей авиакомпании, если она предоставляет такую услугу, или через терминалы самообслуживания в аэропорту (доступно для рейсов авиакомпаний «ЮТэйр», «Россия», Turkish Airlines). Также вы можете распечатать свой электронный посадочный талон на специальном принтере, расположенном справа от прохода на посадку на внутрироссийские линии.

Обращаем ваше внимание на то, что в соответствии с международными требованиями, звуковые объявления о начале и окончании регистрации не производятся, а объявления о начале и окончании посадки производятся только в посадочных галереях. Пожалуйста, уточняйте информацию о рейсах по табло в терминале или в онлайн-табло на нашем сайте.

На третьем этаже терминала расположены кафе, VIP-зал, бизнес-зал международных линий и офисы авиакомпаний.

Основные залы ожидания находятся в посадочных галереях внутрироссийских и международных линий после паспортного контроля. Для удобства пассажиров в терминале работает несколько бизнес-залов.

Администратор не может разблокировать «заблокированный» компьютер

Симптомы

Локальный вход в систему или домен после перезагрузки компьютера под управлением операционной системы Windows, если никто не вошел в систему, может быть невозможен.

При входе в систему может появиться следующее сообщение об ошибке:

Компьютер используется и заблокирован.
Только или администратор может снять блокировку компьютера.
Для снятия блокировки нажмите Ctrl-Alt-Del.

При попытке снятия блокировки может появиться следующее сообщение об ошибке:

Компьютер заблокирован. Снять блокировку может только или администратор.

Если пользователь вошел в систему, а затем вышел из нее, последующий вход в систему может быть невозможен (локально или к домену), при этом может отобразиться следующее сообщение об ошибке:

Компьютер используется и заблокирован.
Снять блокировку может только домен\имя_пользователя или администратор.
Для снятия блокировки нажмите Ctrl-Alt-Del.

При попытке снятия блокировки может появиться следующее сообщение об ошибке:

Компьютер заблокирован. Снять блокировку может только домен\имя_пользователя или администратор.

ПРИМЕЧАНИЯ.

• В сообщении об ошибке, приведенном выше, домен является именем домена последнего пользователя, вошедшего на сервер, а имя_пользователя — это имя последнего пользователя, вошедшего на сервер.

Причина

У подобного поведения могут быть следующие причины:

• Для экранной заставки по умолчанию установлено использование несуществующей программы экранной заставки.

• Использована поврежденная экранная заставка, защищенная паролем.

Решение

Внимание! В этом разделе, описании метода или задачи содержатся сведения об изменении реестра. Однако неправильное его изменение может привести к серьезным проблемам. Поэтому такие действия следует выполнять очень внимательно. Чтобы обеспечить дополнительную защиту, создайте резервную копию реестра. Это позволит восстановить реестр при возникновении неполадок. Дополнительные сведения о создании резервной копии и восстановлении реестра см. в следующей статье базы знаний Майкрософт:

322756 Как создать резервную копию и восстановить реестр в Windows
Для устранения этой проблемы используйте другую неповрежденную и установленную локально программу заставки (например, Logon.scr).

1. Запустите редактор реестра (Regedit32.exe).

2. Найдите значение в следующем разделе реестра:

   HKEY_USERS\.Default\Control Panel\Desktop
   

3. В меню Правка выберите пункт Строка, введите logon.scr и нажмите кнопку ОК.

4. Найдите параметр ScreenSaverIsSecure.

5. В меню Правка выберите пункт Строка, введите 0 и нажмите кнопку ОК.

6. Закройте редактор реестра.

ВРЕМЕННОЕ РЕШЕНИЕ

Для решения этой проблемы воспользуйтесь соответствующим способом.

Способ 1. При появлении сообщения об ошибке о том, что компьютер заблокирован

1. Нажмите сочетание клавиш CTRL+ALT+DELETE для снятия блокировки.

2. Введите учетные данные последнего вошедшего в систему пользователя и нажмите кнопку ОК.

3. После исчезновения диалогового окна Снятие блокировки компьютера нажмите клавиши CTRL+ALT+DELETE и войдите в систему, как обычно.

Способ 2. Если в сообщении об ошибке не указано, кто именно заблокировал компьютер

1. С помощью средства выключения в наборе Microsoft Windows Resource Kit выключите заблокированный компьютер. На заблокированном компьютере отображается диалоговое окно Завершение работы системы, но перезагрузка компьютера не происходит.
   

2. По истечении времени завершения работы отображается диалоговое окно Операционная система Windows.

3. До активизации экранной заставки нажмите сочетание клавиш CTRL+ALT+DELETE и войдите в систему обычным образом.

ПРИМЕЧАНИЕ. Если для входа в систему не используется ни один из этих способов, необходимо перезагрузить компьютер и войти в систему до запуска программы экранной заставки.

Статус

Такое поведение является особенностью данного продукта.

Попробуй 2

Учитывая функцию [латекс] g \ left (m \ right) = \ sqrt {m — 4} [/ latex], оцените [latex] g \ left (5 \ right) [/ latex].

Решение

Попробуй 3

Учитывая функцию [латекс] g \ left (m \ right) = \ sqrt {m — 4} [/ latex], решите [latex] g \ left (m \ right) = 2 [/ latex].

Решение

Вычисление функций, выраженных в формулах

Некоторые функции определяются математическими правилами или процедурами, выраженными в форме уравнения .Если возможно выразить выход функции с помощью формулы , включающей входную величину, то мы можем определить функцию в алгебраической форме. Например, уравнение [латекс] 2n + 6p = 12 [/ латекс] выражает функциональную взаимосвязь между [латексом] n [/ латексом] и [латексом] p [/ латексом]. Мы можем переписать его, чтобы решить, является ли [latex] p [/ latex] функцией [latex] n [/ latex].

Практическое руководство. Для данной функции в форме уравнения напишите ее алгебраическую формулу.

1. Решите уравнение, чтобы изолировать выходную переменную с одной стороны от знака равенства, а с другой стороны как выражение, которое включает только входную переменную.
2. Используйте все обычные алгебраические методы для решения уравнений, такие как сложение или вычитание одной и той же величины с обеих сторон или от них, или умножение или деление обеих сторон уравнения на одинаковую величину.

Пример 9: Нахождение уравнения функции

Выразите отношение [латекс] 2n + 6p = 12 [/ latex] как функцию [latex] p = f \ left (n \ right) [/ latex], если это возможно.

Решение

Чтобы выразить отношение в этой форме, нам нужно иметь возможность записать отношение, где [latex] p [/ latex] является функцией [latex] n [/ latex], что означает запись его как p = выражение, включающее n .
[латекс] \ begin {case} 2n + 6p = 12 \ hfill & \ hfill \\ 6p = 12 — 2n \ hfill & \ begin {cases} & & \ end {cases} \ text {Subtract} 2n \ text { с обеих сторон}. \ hfill \\ p = \ frac {12 — 2n} {6} \ hfill & \ begin {cases} & & \ end {cases} \ text {Разделите обе стороны на 6 и упростите}. \ hfill \\ p = \ frac {12} {6} — \ frac {2n} {6} \ hfill & \ hfill \\ p = 2- \ frac {1} {3} n \ hfill & \ hfill \ end {случаи } [/ латекс]

Следовательно, [латекс] p [/ latex] как функция [latex] n [/ latex] записывается как

[латекс] p = f \ left (n \ right) = 2- \ frac {1} {3} n [/ latex]

Анализ решения

Важно отметить, что не все отношения, выраженные уравнением, также можно выразить как функцию с формулой.{y} [/ latex], если мы хотим выразить [latex] y [/ latex] как функцию [latex] x [/ latex], не существует простой алгебраической формулы, включающей только [latex] x [/ latex] что равно [латекс] y [/ латекс]. Однако каждый [latex] x [/ latex] определяет уникальное значение для [latex] y [/ latex], и существуют математические процедуры, с помощью которых [latex] y [/ latex] может быть найден с любой желаемой точностью. В этом случае мы говорим, что уравнение дает неявное (подразумеваемое) правило для [latex] y [/ latex] как функции [latex] x [/ latex], даже если формулу нельзя записать явно.

— есть ли какие-либо проблемы безопасности при использовании строк Python F с вводом пользователем

F-струны Python на самом деле безопаснее. Используйте их!

Форматирование строки может быть опасным, если строка формата зависит от ненадежных данных. Таким образом, при использовании форматирования str.format () или % важно использовать строки статического формата или очистить ненадежные части перед применением функции форматирования. Напротив, f-strings на самом деле не являются простыми строками, а больше похожи на синтаксический сахар для объединения строк и выражений.Таким образом, формат f-строки предопределен и в первую очередь не допускает динамических (потенциально ненадежных) частей.

Старое форматирование с использованием строкового формата

  >>> data_str = 'bob'
>>> format_str = 'привет, {имя}!'
>>> format_str.format (имя = строка_данных)
«Привет, Боб!»
  

Здесь ваш интерпретатор Python не знает разницы между строкой данных и строкой формата. Он просто вызывает функцию, str.format () , который запускает алгоритм замены для значения строки формата в момент выполнения. Итак, как и следовало ожидать, формат представляет собой обычную строку с фигурными скобками в ней:

  >>> импорт
>>> dis.dis ("'привет {имя}!'")
  1 0 LOAD_CONST 0 ('привет, {имя}!')
              2 RETURN_VALUE
  

Форматирование нового стиля с f-строками

  >>> data_str = 'bob'
>>> Привет, {data_str}! '
«Привет, Боб!»
  

Вот, f'hello {data_str}! ' может выглядеть как строковая константа, но это не так.Интерпретатор анализирует часть между {...} не как часть строки, которая может быть расширена позже, а как отдельное выражение:

  >>> dis.dis ("f'hello {name}! '")
  1 0 LOAD_CONST 0 ('привет')
              2 LOAD_NAME 0 (имя)
              4 FORMAT_VALUE 0
              6 LOAD_CONST 1 ('!')
              8 BUILD_STRING 3
             10 RETURN_VALUE
  

Итак, вспомните "привет {sys.argv [1]} " как (приблизительно) синтаксический сахар для " hi "+ sys.argv [1] . Во время выполнения интерпретатор даже не знает или не заботится о том, что вы использовали f-строку. Он просто видит инструкции по созданию строки из константы "hi" и форматированного значения sys.argv [1] .

Пример уязвимости

Вот пример веб-приложения, которое уязвимо использует str.format () :

  с http.server import HTTPServer, BaseHTTPRequestHandler

секрет = 'abc123'

Обработчик класса (BaseHTTPRequestHandler):
    name = 'funtimes'
    msg = 'добро пожаловать на {сайт.название}'
    def do_GET (сам):
        res = (' \ n' + self.msg) .format (site = self)
        self.send_response (200)
        self.send_header ('тип содержимого', 'текст / HTML')
        self.end_headers ()
        self.wfile.write (res.encode ())

HTTPServer (('локальный хост', 8888), Обработчик) .serve_forever ()
  

  $ python3 example.py

$ curl 'http: // локальный: 8888 / тест'

добро пожаловать на развлечения
  

Атака

При построении строки res используется значение self.путь как часть строки формата. Поскольку self.path управляется пользователем, мы можем использовать его для изменения строки формата и, например, эксфильтровать глобальную переменную секрет :

  $ curl -g 'http: // localhost: 8888 / XXX {site.do_GET .__ globals__ [secret]}'

добро пожаловать на развлечения
  

Что такое ввод и вывод в математике?

Обновлено 17 ноября 2020 г.

Крис Дезиел

В математике ввод и вывод — это термины, относящиеся к функциям.И вход, и выход функции являются переменными, что означает, что они изменяются. Вы можете выбрать входные переменные самостоятельно, но выходные переменные всегда определяются правилом, установленным функцией. Обычно входную переменную выражают буквой x, а выходную — f ( x ), что вы читаете как «f из x », но вы можете использовать любую букву или символ для обозначения входной переменной. и сама функция. Вы также увидите функции в виде одной переменной (часто y), равной выражению, включающему другую переменную (x).2

В таких случаях x является входом, а y — выходом.

Что такое функция?

Функция — это правило, которое связывает каждое входное значение с одним и только одним выходным значением. Математики часто сравнивают идею функции с монетоприемником. Монета — это ваш вход, и когда вы вставляете ее в автомат, на выходе получается сплющенный кусок металла с чем-то отштампованным на нем. Подобно тому, как машина может дать вам только один расплющенный кусок металла, функция может дать вам только один результат.Вы можете проверить математическое соотношение, чтобы увидеть, является ли оно функцией, введя различные значения и убедившись, что вы получаете только один результат для вывода. Если вы построите график функции, он может образовать прямую линию или кривую, а вертикальная линия, проведенная в любом месте координатной плоскости, будет пересекать ее только в одной точке.

Входные значения формируют домен функции

Математики называют набор всех входных значений для функции его доменом. Область является неотъемлемой частью функции.Во многих математических задачах он включает все действительные числа, но это не обязательно. Однако он должен включать все числа, для которых работает функция. Чтобы создать иллюстрацию из нематематического мира, представьте, что ваша функция — это машина, которая дает всем лысым людям полную шевелюру. В его владение будут входить все лысые, но не все люди. Таким же образом область для математической функции может не включать все числа. Например, домен для функции

f (x) = \ frac {1} {2 — x}

не включает число 2, потому что оно составляет знаменатель дроби 0, что является неопределенным результатом.

Выходные значения образуют диапазон

Диапазон функции включает все возможные выходные значения, поэтому он определяется областью, а также самой функцией. Например, предположим, что функция «удваивает входное значение», а домен — это действительные целые числа. Вы должны записать функцию математически как

f (x) = 2x

, а диапазон будет состоять из всех четных чисел. Если вы измените домен, чтобы включить дроби, диапазон изменится на все числа, потому что вы можете получить нечетное число, если удвоите дробь.

Сравнительные графики непрерывных входных сигналов (a) шаговый вход f (t) (b) …

Context 1

… получают цифровой сигнал запроса q [n], и мы хотим определить- Мне нужно знать, является ли это результатом получения функции единичного шага, f (t) = u (t — ts), с ϕ 2 (t), или это результат повторного приобретения. Наглядный пример двух возможных форм q [n] показан на рисунке 3. На рисунке 3 (c) мы показываем случай однократного получения f (t), показанный на рисунке 3 (a), тогда как на рисунке 3 ( d) показывает повторно захваченный сигнал, полученный после линейной интерполяции (c) для получения 3 (b) и выборки 3 (b) с ϕ 2 (t)….

Context 2

… наглядный пример двух возможных форм q [n] показан на рисунке 3. На рисунке 3 (c) мы показываем случай однократного получения f (t ), показанный на рисунке 3 (a), тогда как на рисунке 3 (d) показан повторно захваченный сигнал, полученный после линейной интерполяции (c) для получения 3 (b) и выборки 3 (b) с ϕ 2 (t). Заметим, что g [n] и ˆgandˆ иˆg [n] трудно различить, но они по-прежнему содержат всю информацию, необходимую для обратного проектирования цепочки сбора данных, как показано ниже….

Контекст 3

… наглядный пример двух возможных форм q [n] показан на рисунке 3. На рисунке 3 (c) мы показываем случай однократного получения f (t ), показанный на рисунке 3 (a), тогда как на рисунке 3 (d) показан повторно захваченный сигнал, полученный после линейной интерполяции (c) для получения 3 (b) и выборки 3 (b) с ϕ 2 (t). Заметим, что g [n] и ˆgandˆ иˆg [n] трудно различить, но они по-прежнему содержат всю информацию, необходимую для обратного проектирования цепочки сбора данных, как показано ниже….

Context 4

… наглядный пример двух возможных форм q [n] показан на рисунке 3. На рисунке 3 (c) мы показываем случай однократного получения f (t ), показанный на рисунке 3 (a), тогда как на рисунке 3 (d) показан повторно захваченный сигнал, полученный после линейной интерполяции (c) для получения 3 (b) и выборки 3 (b) с ϕ 2 (t). Заметим, что g [n] и ˆgandˆ иˆg [n] трудно различить, но они по-прежнему содержат всю информацию, необходимую для обратного проектирования цепочки сбора данных, как показано ниже….

Контекст 5

… t k представляет местоположение выборок g [n], используемых в интерполяции. Из результатов восстановления на рисунке 3 (f), расстояния между дифференцированными DiracsˆfDiracsˆ Diracsˆf (2) (t) являются однородными, и период выборки T 1 может быть оценен по среднему значению расстояний. …

Snakefiles и правила — документация Snakemake 6.6.1

Рабочий процесс Snakemake определяет анализ данных в терминах правил, указанных в Snakefile.Чаще всего правила состоят из имени, входных файлов, выходных файлов и команды оболочки для генерации выходных данных из входных данных:

 ИМЯ правила:
    ввод: «путь / к / входному файлу», «путь / к / другому / входному файлу»
    вывод: «путь / к / выходному файлу», «путь / к / другому / выходному файлу»
    оболочка: "somecommand {input} {output}"
 

Имя не является обязательным и может быть опущено, создав анонимное правило. Его также можно переопределить, установив для правила атрибут name .

Внутри команды оболочки можно получить доступ ко всем локальным и глобальным переменным, особенно к файлам ввода и вывода, через их имена в мини-языке формата python.Здесь ввод и вывод (и вообще любой список или кортеж) автоматически вычисляются как список файлов, разделенных пробелами (т.е. путь / к / путь к файлу ввода / к / другому / входному файлу ). Начиная с Snakemake 3.8.0, добавление специальной инструкции форматирования : q (например, "somecommand {input: q} {output: q}") ) позволит Snakemake цитировать каждый элемент списка или кортежа, содержащий пробелы.

Вместо команды оболочки правило может запускать некоторый код Python для генерации вывода:

 ИМЯ правила:
    ввод: «путь / к / входному файлу», «путь / к / другому / входному файлу»
    вывод: «путь / к / выходному файлу», somename = «путь / к / другому / выходному файлу»
    запустить:
        для f на входе:
            ...
            с открытым (вывод [0], "w") как out:
                out.write (...)
        с open (output.somename, "w") как out:
            out.write (...)
 

Как можно видеть, вместо доступа к вводу и выводу в целом мы также можем получить доступ по индексу ( output [0] ) или по ключевому слову ( output.somename ). Обратите внимание, что при добавлении ключевых слов или имен для файлов ввода или вывода их порядок не сохраняется при доступе к ним в целом через, например, {output} в команде оболочки.

Команды оболочки, подобные приведенным выше, также могут быть вызваны внутри правила на основе Python через функцию оболочки , которая принимает строку с командой и допускает такое же форматирование, как в приведенном выше правиле, например:

 ("somecommand {output.somename}")
 

Кроме того, эта комбинация команд python и оболочки позволяет нам перебирать вывод команды оболочки, например:

 для строки в оболочке ("somecommand {output.somename}", iterable = True):
    ...# делаем что-нибудь на python
 

Обратите внимание, что команды оболочки в Snakemake по умолчанию используют оболочку bash в строгом режиме.

Подстановочные знаки

Обычно полезно обобщить правило для применения к ряду, например, наборы данных. Для этого можно использовать подстановочные знаки. Автоматическое разрешение нескольких именованных подстановочных знаков является ключевой особенностью и сильной стороной Snakemake по сравнению с другими системами. Рассмотрим следующий пример.

 правило complex_conversion:
    Вход:
        "{набор данных} / входной файл"
    выход:
        "{набор данных} / файл.{группа} .txt "
    оболочка:
        "somecommand --group {wildcards.group} <{input}> {output}"
 

Здесь мы определяем два подстановочных знака, набор данных и группу . Таким образом, правило может создавать все файлы, соответствующие шаблону регулярного выражения . + / File \ .. + \. Txt , то есть символы подстановки заменяются регулярным выражением . + . Если выходные данные правила соответствуют запрошенному файлу, подстроки, соответствующие подстановочным знакам, передаются во входные файлы и переменные подстановочные знаки, которые здесь также используются в команде оболочки.Доступ к объекту подстановочных знаков можно получить так же, как и к вводу и выводу, как описано выше.

Например, если для другого правила в рабочем процессе требуется файл 101 / file.A.txt , Snakemake распознает, что это правило может создать его, установив dataset = 101 и group = A . Таким образом, он запрашивает файл 101 / inputfile в качестве входных данных и выполняет команду somecommand --group A <101 / inputfile> 101 / file.A.txt . Конечно, входной файл может быть сгенерирован другим правилом с другими подстановочными знаками.

Важно отметить, что имена подстановочных знаков на входе и выходе должны иметь одинаковые имена. Чаще всего один и тот же подстановочный знак присутствует как во вводе, так и на выходе, но, конечно, также возможно иметь подстановочные знаки только в выводе, но не во входной секции.

Использование нескольких подстановочных знаков в одном имени файла может вызвать двусмысленность. Рассмотрим шаблон {набор данных}. {Группа} .txt и предположим, что доступен файл 101.B.normal.txt . Неясно, является ли набор данных = 101.B и группа = нормальный или набор данных = 101 и группа = B. нормальный в этом случае.

Следовательно, подстановочные знаки могут быть ограничены заданными регулярными выражениями. Здесь мы могли бы ограничить набор данных подстановочным знаком , чтобы он состоял только из цифр, используя \ d + в качестве соответствующего регулярного выражения. В Snakemake 3.8.0 есть три способа ограничить использование подстановочных знаков. Во-первых, подстановочный знак можно ограничить в шаблоне файла, добавив регулярное выражение, разделенное запятой:

: "{набор данных, \ d +}.{группа} .txt "
 

Во-вторых, в правиле можно ограничить подстановочный знак с помощью ключевого слова wildcard_constraints :

 правило complex_conversion:
    Вход:
        "{набор данных} / входной файл"
    выход:
        "{набор данных} / файл. {группа} .txt"
    wildcard_constraints:
        набор данных = "\ d +"
    оболочка:
        "somecommand --group {wildcards.group} <{input}> {output}"
 

Наконец, вы также можете определить глобальные ограничения с использованием подстановочных знаков, которые применяются ко всем правилам:

 wildcard_constraints:
    набор данных = "\ d +"

Правило а:
    ...

Правило б:
    ...
 

См. Документацию Python по регулярным выражениям для получения подробной информации о синтаксисе регулярных выражений.

Агрегация

Входные файлы могут быть списками Python, что позволяет легко агрегировать параметры или образцы:

:
    Вход:
        ["{dataset} /a.txt" .format (dataset = dataset) для набора данных в DATASETS]
    выход:
        "aggregated.txt"
    оболочка:
        ...
 

Вышеупомянутое выражение можно упростить двумя способами.

Функция расширения

:
    Вход:
        развернуть ("{набор данных} /a.txt", набор данных = НАБОРЫ ДАННЫХ)
    выход:
        "aggregated.txt"
    оболочка:
        ...
 

Обратите внимание, что набор данных НЕ является здесь подстановочным знаком, потому что он разрешен Snakemake из-за оператора expand . Функция expand также позволяет комбинировать различные переменные, например

:
    Вход:
        expand ("{набор данных} / a. {ext}", набор данных = DATASETS, ext = FORMATS)
    выход:
        "в совокупности.текст"
    оболочка:
        ...
 

Если FORMATS = ["txt", "csv"] содержит список желаемых выходных форматов, тогда expand автоматически объединит любой набор данных с любым из этих расширений.

Кроме того, первый аргумент также может быть списком строк. В этом случае преобразование применяется ко всем элементам списка. Например.

 развернуть (["{набор данных} / a. {Ext}", "{набор данных} / b. {Ext}"], набор данных = DATASETS, ext = FORMATS)
 

ведет к

 ["ds1 / a.txt »,« ds1 / b.txt »,« ds2 / a.txt »,« ds2 / b.txt »,« ds1 / a.csv »,« ds1 / b.csv »,« ds2 / a.csv » , "ds2 / b.csv"]
 

По умолчанию, expand использует функцию python itertools product , которая выдает все комбинации предоставленных значений подстановочных знаков. Однако, вставив второй позиционный аргумент, его можно заменить любой комбинаторной функцией, например почтовый индекс :

 развернуть (["{набор данных} / a. {Ext}", "{набор данных} / b. {Ext}"], zip, набор данных = DATASETS, ext = FORMATS)
 

ведет к

 ["ds1 / a.txt "," ds1 / b.txt "," ds2 / a.csv "," ds2 / b.csv "]
 

Вы также можете замаскировать выражение подстановочного знака в expand , чтобы оно сохранялось, например

 развернуть ("{{набор данных}} / a. {Ext}", ext = FORMATS)
 

создаст строки со всеми значениями для ext, но начиная с подстановочного знака "{dataset}" .

Функция multiext

multiext предоставляет упрощенный вариант expand , который позволяет нам определять набор выходных или входных файлов, которые отличаются только своим расширением:

 правило сюжета:
    Вход:
        ...
    выход:
        multiext ("some / plot", ".pdf", ".svg", ".png")
    оболочка:
        ...
 

Эффект такой же, как если бы вы написали expand ("some / plot. {Ext}", ext = [". Pdf", ".svg", ".png"]) , однако, используя более простой синтаксис. Более того, определение вывода с помощью multiext — единственный способ использовать кэширование рабочего процесса для правил с несколькими файлами вывода.

Цели и агрегирование

По умолчанию snakemake выполняет первое правило в файле snakefile.Это приводит к появлению псевдоправил в начале файла, которые можно использовать для определения целей сборки, подобных GNU Make:

 правят все:
  ввод: ["{dataset} /file.A.txt" .format (dataset = dataset) для набора данных в DATASETS]
 

Здесь для каждого набора данных в списке Python DATASETS , определенном ранее, запрашивается файл {dataset} /file.A.txt . В этом примере Snakemake автоматически распознает, что они могут быть созданы несколькими приложениями правила complex_conversion , показанного выше.

Нитки

Кроме того, правилу может быть задано количество используемых потоков, т.е.

 ИМЯ правила:
    ввод: «путь / к / входному файлу», «путь / к / другому / входному файлу»
    вывод: «путь / к / выходному файлу», «путь / к / другому / выходному файлу»
    темы: 8
    оболочка: "somecommand --threads {threads} {input} {output}"
 

Snakemake может изменять количество доступных ядер в зависимости от параметров командной строки. Поэтому полезно распространять его через встроенную переменную потоков , а не жестко кодировать его в команде оболочки.В частности, следует отметить, что указанные потоки следует рассматривать как максимум. Когда Snakemake выполняется с меньшим количеством ядер, количество потоков будет скорректировано, то есть потоков = мин (потоки, ядра) с ядрами, — это количество ядер, указанное в командной строке (опция --cores ).

Жесткое кодирование определенного максимального числа потоков, как указано выше, полезно, когда определенный инструмент имеет естественный максимум, за пределами которого распараллеливание не поможет еще больше ускорить его.Это часто бывает, и его следует тщательно оценивать для производственных рабочих процессов. Кроме того, установка потоков: максимум требуется для достижения параллелизма в инструментах, которые (часто неявно и без ведома пользователя) полагаются на переменную среды для максимального количества используемых ядер. Например, это относится ко многим библиотекам линейной алгебры и к OpenMP. Snakemake по умолчанию ограничивает соответствующие переменные среды одним ядром, чтобы избежать неожиданного и неограниченного захвата ядра, но переопределит это с помощью потоков: , которые вы укажете в правиле (параметры установлены на потоков: или по умолчанию на 1 , это: OMP_NUM_THREADS , GOTO_NUM_THREADS , OPENBLAS_NUM_THREADS , MKL_NUM_THREADS , VECLIB_MAXIMUM_THREADS .

Если точно известно, что для инструмента не существует максимума эффективного параллелизма, можно вместо этого определить потоки как функцию количества ядер, предоставленных Snakemake:

 ИМЯ правила:
    ввод: «путь / к / входному файлу», «путь / к / другому / входному файлу»
    вывод: «путь / к / выходному файлу», «путь / к / другому / выходному файлу»
    темы: workflow.cores * 0,75
    оболочка: "somecommand --threads {threads} {input} {output}"
 

Количество заданных ядер доступно глобально в Snakefile как атрибут объекта рабочего процесса: workflow.ядра . Любая арифметическая операция может быть выполнена для получения из этого числа потоков. Например, в приведенном выше примере мы резервируем 75% указанных ядер для правила. Snakemake всегда округляет вычисленное значение в меньшую сторону (при обеспечении как минимум 1 потока).

Начиная с версии 3.7, потоки также могут быть вызываемыми, которые возвращают значение int . Сигнатура вызываемого объекта должна быть callable (подстановочные знаки [, ввод]) (ввод — необязательный параметр). Также можно ссылаться на предопределенную переменную (например,g, потоков: thread_max ), так что количество ядер для набора правил можно изменить одним изменением только путем изменения значения переменной threads_max .

ресурсов

В дополнение к потокам правило может использовать произвольные определяемые пользователем ресурсы, указав их с ключевым словом resources:

 правило а:
    Вход:     ...
    выход:    ...
    Ресурсы:
        mem_mb = 100
    оболочка:
        "..."
 

Если ограничения на ресурсы задаются через командную строку, e.г.

 $ snakemake --resources mem_mb = 100
 

планировщик гарантирует, что указанные ресурсы не будут превышены при выполнении заданий. Ресурсы всегда должны указываться как общее количество для каждого задания, а не для потока (т.е. выше mem_mb = 100 в правиле a означает, что любое задание из правила a потребует в целом 100 мегабайт памяти, а не за поток).

В общем, ресурсы — это просто имена для планировщика Snakemake, то есть Snakemake не проверяет, превышает ли задание определенный ресурс.Однако ресурсы используются для определения того, какие задания могут выполняться одновременно, не превышая заданные ограничения в командной строке. Если ограничения не указаны, ресурсы игнорируются при локальном выполнении. При выполнении в кластере или в облаке ресурсы всегда передаются на бэкэнд, даже если не указано --resources . Помимо информирования Snakemake о гибридных вычислительных архитектурах (например, с ограниченным количеством дополнительных устройств, таких как графические процессоры), это позволяет нам управлять планированием различными способами, например.г. для ограничения задач с интенсивным вводом-выводом путем назначения им искусственного ресурса ввода-вывода и ограничения его с помощью флага --resources . Ресурсы должны иметь значения int или str . Обратите внимание, что вы можете выбирать любые имена для данных ресурсов.

Ресурсы также могут быть вызываемыми, которые возвращают значения int или str . Подпись вызываемого объекта должна быть вызываемой (подстановочные знаки [, вход] [, потоки] [, попытка]) (вход , , потоков, , и попытка, — необязательные параметры).

Параметр попытка позволяет нам настраивать ресурсы в зависимости от того, как часто задание перезапускалось (см. Все параметры, параметр --restart-times ). Это удобно при выполнении рабочего процесса Snakemake в кластерной среде, где задания могут, например, терпят неудачу из-за слишком ограниченных ресурсов. Когда Snakemake запускается с --restart-times 3 , он 3 раза пытается перезапустить неудачное задание, прежде чем завершится. Таким образом, параметр попытка будет содержать номер текущей попытки (начиная с 1 ).Это можно использовать для настройки требуемой памяти следующим образом

 def get_mem_mb (подстановочные знаки, попытка):
    попытка возврата * 100

правило:
    Вход:    ...
    выход:   ...
    Ресурсы:
        mem_mb = get_mem_mb
    оболочка:
        "..."
 

Здесь для первой попытки потребуется 100 МБ памяти, для второй попытки потребуется 200 МБ памяти и так далее. При передаче требований к памяти механизму кластера вы можете автоматически опробовать более крупные узлы, если это окажется необходимым.

Еще одно применение вызываемых объектов в качестве ресурсов — это когда использование памяти зависит от количества потоков:

 def get_mem_mb (подстановочные знаки, потоки):
    возврат потоков * 150

Правило б:
    Вход:     ...
    выход:    ...
    темы: 8
    Ресурсы:
        mem_mb = get_mem_mb
    оболочка:
        "..."
 

Здесь значение, возвращаемое функцией get_mem_mb , растет линейно с количеством потоков. Конечно, в этой функции можно выполнить любую другую арифметику.

И потоки, и ресурсы могут быть перезаписаны при вызове через –set-thread и –set-resources , см. User_manual-snakemake_options.

Стандартные ресурсы

Есть три стандартных ресурса , для общей памяти, использования диска и временного каталога задания: mem_mb и disk_mb и tmpdir . Ресурс tmpdir автоматически приводит к установке переменной TMPDIR для команд оболочки, сценариев, оболочек и записных книжек.При определении ограничений памяти рекомендуется использовать mem_mb , потому что некоторые режимы выполнения напрямую используют эту информацию (например, при использовании Kubernetes).

Поскольку было бы обременительно определять такие стандартные ресурсы для каждого правила, вы можете установить значения по умолчанию в терминал или в профиле. Это работает через флаг командной строки --default-resources , см. snakemake --help для получения дополнительной информации. Если эти определения ресурсов являются обязательными для определенного режима выполнения, Snakemake выдаст подсказку, если они отсутствуют.Любые определения ресурсов внутри правила переопределяют то, что было определено с помощью --default-resources . Если --default-resources не указаны, Snakemake использует 'mem_mb = max (2 * input.size_mb, 1000)' , 'disk_mb = max (2 * input.size_mb, 1000)' и 'tmpdir = system_tmpdir' . Последний указывает на то, что используется операционной системой по умолчанию или задано любой из переменных среды $ TMPDIR , $ TEMP или $ TMP , как описано здесь.

Вытесняемые вакансии

Вы можете указать параметры preemptible-rules и preemption-default , чтобы запросить вытесняемую виртуальную машину Google Cloud для использования с Google Life Sciences Executor. Есть несколько способов сделать это. В этом первом примере будут использоваться вытесняемые экземпляры для всех правил с 10 повторениями (перезапуски экземпляра, если он неожиданно останавливается).

 snakemake --preemption-по умолчанию 10
 

Если вы предпочитаете установить значение по умолчанию, но затем перезаписать некоторые правила пользовательским значением, здесь вы можете использовать --preemtible-rules :

 snakemake --preemption-default 10 --preemptible-rules map_reads = 3 call_variants = 0
 

В приведенном выше заявлении говорится, что мы хотим использовать вытесняемые экземпляры для всех шагов, по умолчанию 10 попыток, но для шагов «map_reads» и «call_variants» мы хотим применить 3 и 0 повторных попыток соответственно.Финал вариант — не использовать вытесняемые экземпляры по умолчанию, а только для определенного правила:

 snakemake --preemptible-rules map_reads = 10
 

Обратите внимание, что в настоящее время это реализовано для API Google Life Sciences.

Ресурсы графического процессора

API Google Life Sciences в настоящее время поддерживает Графические процессоры NVIDIA, что означает, что вы можете явно запросить несколько графических процессоров NVIDIA, добавив nvidia_gpu или gpu к своим ресурсам Snakefile для шага:

 правило а:
    выход:
        "контрольная работа.текст"
    Ресурсы:
        nvidia_gpu = 1
    оболочка:
        "некоторая команда ..."
 

Определенную модель графического процессора можно запросить с помощью gpu_model и идентификаторов в нижнем регистре, таких как nvidia-tesla-p100 или nvidia-tesla-p4 , например: gpu_model = "nvidia-tesla-p100" . Если вы не укажете gpu или nvidia_gpu со счетчиком, но укажете gpu_model , счет будет по умолчанию 1.

Сообщения

При выполнении snakemake на консоль выводится краткая сводка по каждому действующему правилу.Это можно изменить, указав сообщение для правила:

 ИМЯ правила:
    ввод: «путь / к / входному файлу», «путь / к / другому / входному файлу»
    вывод: «путь / к / выходному файлу», «путь / к / другому / выходному файлу»
    темы: 8
    message: "Выполнение некоторой команды с потоками {thread} для следующих файлов {input}."
    оболочка: "somecommand --threads {threads} {input} {output}"
 

Обратите внимание, что доступ к подстановочным знакам также возможен через переменную подстановочные знаки (например, {wildcards.sample} ), что аналогично командам оболочки. Важно иметь пространство имен вокруг подстановочных знаков, чтобы избежать конфликтов с другими именами переменных.

Приоритеты

Snakemake допускает правила, определяющие числовые приоритеты:

:
  Вход: ...
  выход: ...
  приоритет: 50
  оболочка: ...
 

По умолчанию каждое правило имеет приоритет 0. Любое правило с более высоким приоритетом будет предпочтительнее для планировщика по сравнению со всеми правилами, готовыми к одновременному выполнению, но не имеющими хотя бы такого же приоритета.

Кроме того, флаг командной строки --prioritize или -P позволяет указать файлы (или правила), которые должны создаваться с наивысшим приоритетом во время выполнения рабочего процесса. Это означает, что планировщик назначит указанной цели и всем ее зависимостям наивысший приоритет, так что цель будет завершена как можно скорее. Параметр --dry-run (эквивалентно --dryrun ) или -n позволяет просмотреть план планирования, включая назначенные приоритеты.

Файлы журнала

Каждое правило может указывать файл журнала, в который записывается информация о выполнении:

 правило abc:
    ввод: "input.txt"
    вывод: "output.txt"
    журнал: "журналы / abc.log"
    оболочка: "somecommand --log {журнал} {ввод} {вывод}"
 

могут использоваться в качестве входных данных для других правил, как и любой другой выходной файл. Однако, в отличие от файлов вывода, файлы журналов не удаляются при ошибке. Очевидно, это необходимо для обнаружения причин ошибок, которые могут быть видны в файле журнала.

Переменная log может использоваться внутри команды оболочки, чтобы указать используемому инструменту, в какой файл записывать информацию журнала. В файле журнала должны использоваться те же символы подстановки, что и в выходных файлах, например

 журнал: "журналы / abc. {Набор данных} .log"
 

Для программ, которые не имеют явного параметра log , вы всегда можете использовать 2> {log} для перенаправления стандартного вывода в файл (в данном случае файл log ) в системах на базе Linux. Обратите внимание, что также поддерживается указание нескольких (именованных) файлов журнала:

 правило abc:
    ввод: "ввод.текст"
    вывод: "output.txt"
    журнал: log1 = "журналы / abc.log", log2 = "журналы / xyz.log"
    оболочка: "somecommand --log {log.log1} METRICS_FILE = {log.log2} {input} {output}"
 

Нефайловые параметры для правил

Иногда может потребоваться определить определенные параметры отдельно от тела правила. Snakemake предоставляет для этой цели ключевое слово params :

:
    Вход:
        ...
    параметры:
        префикс = "somedir / {образец}"
    выход:
        "somedir / {образец}.csv "
    оболочка:
        "somecommand -o {params.prefix}"
 

Ключевое слово params позволяет указать дополнительные параметры в зависимости от значений подстановочных знаков. Это позволяет обойти необходимость использования run: и кода Python для нестандартных команд, как в приведенном выше случае. Здесь команда somecommand ожидает префикс выходного файла вместо фактического. Ключевое слово params здесь помогает, поскольку вы не можете просто добавить префикс в качестве выходного файла (поскольку файл не будет создан, Snakemake выдаст ошибку после выполнения правила).

Кроме того, для повышения удобочитаемости и ясности раздел params также является отличным местом для именования и назначения параметров и переменных для вашей последующей команды.

Подобно входу , параметры также могут принимать функции (см. Функции как входные файлы), например вы можете написать

:
    Вход:
        ...
    параметры:
        prefix = лямбда-символы, вывод: output [0] [: - 4]
    выход:
        "somedir / {образец} .csv"
    оболочка:
        "somecommand -o {params.префикс}"
 

, чтобы получить тот же эффект, что и выше. Обратите внимание, что в отличие от директивы input , Директива params может дополнительно принимать больше аргументов, чем только подстановочных знаков , а именно вход , выход , потоков и ресурсы . С точки зрения Python их можно рассматривать как необязательные аргументы ключевого слова без значения по умолчанию. Их порядок не имеет значения, за исключением того факта, что подстановочные знаки должен быть первым аргументом.В приведенном выше примере это позволяет получить имя префикса из выходного файла.

Внешние скрипты

Правило также может указывать на внешний скрипт вместо команды оболочки или встроенного кода Python, например

 ИМЯ правила:
    Вход:
        "путь / к / входному файлу",
        "путь / к / другому / входному файлу"
    выход:
        "путь / к / выходному файлу",
        "путь / к / другому / выходному файлу"
    сценарий:
        "scripts / script.py"
 

Путь скрипта всегда относительно Snakefile, содержащего директиву (в отличие от путей входного и выходного файлов, которые относятся к рабочему каталогу).Рекомендуется поместить все сценарии в подпапку scripts , как указано выше. Внутри скрипта у вас есть доступ к объекту snakemake , который предоставляет доступ к тем же объектам, которые доступны в директивах run и shell (ввод, вывод, параметры, подстановочные знаки, журнал, потоки, ресурсы, конфигурация) , например вы можете использовать snakemake.input [0] для доступа к первому входному файлу вышеуказанного правила.

Помимо скриптов Python, этот механизм также позволяет интегрировать скрипты R и R Markdown со Snakemake, e.г.

 ИМЯ правила:
    Вход:
        "путь / к / входному файлу",
        "путь / к / другому / входному файлу"
    выход:
        "путь / к / выходному файлу",
        "путь / к / другому / выходному файлу"
    сценарий:
        "scripts / script.R"
 

В сценарии R доступен объект S4 с именем snakemake , аналогичный приведенному выше случаю Python, который позволяет получить доступ к входным и выходным файлам и другим параметрам. Здесь синтаксис соответствует синтаксису классов S4 с атрибутами, которые являются списками R, например мы можем получить доступ к первому входному файлу с snakemake @ input [[1]] (обратите внимание, что у первого файла здесь нет индекса 0 , потому что R начинает отсчет с 1 ).Доступ к именованным входным и выходным файлам можно получить таким же образом, просто указав имя вместо индекса, например snakemake @ input [["myfile"]] .

В качестве альтернативы можно интегрировать скрипты Julia, например

 ИМЯ правила:
    Вход:
        "путь / к / входному файлу",
        "путь / к / другому / входному файлу"
    выход:
        "путь / к / выходному файлу",
        "путь / к / другому / выходному файлу"
    сценарий:
        "путь / к / script.jl"
 

В скрипте Julia доступен объект snakemake , доступ к которому можно получить аналогично случаю Python (см. Выше), с той лишь разницей, что вам нужно индексировать с 1 вместо 0.

По техническим причинам скрипты выполняются в .snakemake / scripts . Исходный каталог сценариев доступен как каталог сценариев в объекте snakemake . Удобный метод snakemake @ source () действует как оболочка для нормальной функции R source () и может использоваться для исходных файлов относительно исходного каталога сценария.

Пример внешнего скрипта Python может выглядеть так:

 def do_something (data_path, out_path, потоки, myparam):
    # код Python

do_something (змейка.input [0], snakemake.output [0], snakemake.threads, snakemake.config ["myparam"])
 

Вы можете использовать отладчик Python из сценария, если вы вызываете Snakemake с --debug . Эквивалентный сценарий, написанный на R, будет выглядеть так:

 do_something <- function (data_path, out_path, themes, myparam) {
    # R код
}

do_something (snakemake @ input [[1]], snakemake @ output [[1]], snakemake @ thread, snakemake @ config [["myparam"]])
 

Для отладки сценариев R вы можете сохранить рабочую область с сохранением .image () , и вызовет R после завершения работы Snakemake. Затем вы можете использовать обычные средства отладки R, имея доступ к переменной snakemake . Лучше всего вынести фактический код в отдельную функцию. Это увеличивает переносимость, если код должен вызываться вне Snakemake или из другого правила.

Файл R Markdown можно интегрировать так же, как сценарии R и Python, но можно использовать только один выходной файл (html):

 ИМЯ правила:
    Вход:
        "путь / к / входному файлу",
        "путь / к / другому / входному файлу"
    выход:
        "путь / к / отчету.html ",
    сценарий:
        "путь / к / report.Rmd"
 

В файл R Markdown вы можете вставить вывод команды R и получить доступ к переменным, хранящимся в объекте S4 с именем snakemake

 ---
title: «Отчет об испытаниях»
автор:
    - "Ваше имя"
date: "` формат r (Sys.time (), '% d% B,% Y') `"
параметры:
   rmd: "report.Rmd"
выход:
  html_document:
  изюминка: танго
  number_sections: нет
  тема: по умолчанию
  toc: да
  toc_depth: 3
  toc_float:
    рухнул: нет
    smooth_scroll: да
---

## R Markdown

Это документ R Markdown.Тест включает из snakemake `r snakemake @ input`.

## Источник
 R Markdown исходный файл (для создания этого документ) 
 

Можно вставить ссылку на документ R Markdown с объектом snakemake. Поэтому переменную с именем rmd необходимо добавить в раздел params в заголовке файла report.Rmd . Сгенерированный файл R Markdown с объектом snakemake будет сохранен в файле, указанном в этой переменной rmd .Этот файл можно встроить в HTML-документ с использованием кодировки base64 и вставить ссылку, как показано в примере выше. Также таким образом могут быть встроены другие входные и выходные файлы для создания переносимого отчета. Обратите внимание, что указанный выше метод с URI данных работает только для небольших файлов. Экспериментальная технология для встраивания больших файлов использует объект Javascript Blob.

Интеграция с ноутбуком Jupyter

Вместо простых скриптов (см. Выше) можно интегрировать Jupyter Notebooks.Это позволяет интерактивно разрабатывать компоненты анализа данных (например, для построения графиков). Интеграция работает следующим образом (обратите внимание на использование записной книжки : вместо сценария : ):

 привет:
    выход:
        "test.txt"
    бревно:
        # необязательный путь к обработанной записной книжке
        notebook = "журналы / записные книжки / processing_notebook.ipynb"
    ноутбук:
        "блокноты / hello.py.ipynb"
 

Перед суффиксом .ipynb рекомендуется ставить перед суффиксом .py или .r , чтобы указать язык записной книжки. В записной книжке доступен объект snakemake, к которому можно получить доступ так же, как и к интеграции со скриптом. Другими словами, у вас есть доступ к входным файлам через snakemake.input (в случае Python) и snakemake @ input (в случае R) и т. Д. При желании можно автоматически сохранять обработанный блокнот. Этого можно добиться, добавив именованный файл журнала notebook = ... в директиву log .

Чтобы упростить кодирование блокнотов с помощью автоматически вставленного объекта snakemake , Snakemake предоставляет интерактивный режим редактирования правил блокнотов. Допустим, вы написали вышеупомянутое правило, но записной книжки еще не существует. Запустив

 snakemake --cores 1 --edit-notebook test.txt
 

вы даете Snakemake указание разрешить интерактивное редактирование записной книжки, необходимое для создания файла test.txt . Snakemake будет запускать все зависимости правила записной книжки, так что все входные файлы присутствуют.Затем он запустит сервер записной книжки jupyter с пустым черновиком записной книжки, в котором вы можете интерактивно запрограммировать все необходимое для этого конкретного шага. После этого вы должны сохранить записную книжку из веб-интерфейса jupyter, перейти на панель управления jupyter и нажать кнопку Quit в правом верхнем углу, чтобы выключить сервер jupyter. Snakemake обнаружит, что сервер закрыт, и автоматически сохранит созданный блокнот по пути, указанному в правиле (здесь hello.py.ipynb ). Если записная книжка уже существует, описанную выше процедуру можно легко изменить. Обратите внимание, что Snakemake требует локального выполнения для режима редактирования записной книжки. В кластере или в облаке вы можете сгенерировать все зависимости правила записной книжки через

 snakemake --cluster ... --jobs 100 --until test.txt
 

Тогда правило записной книжки может быть легко выполнено локально. Демонстрацию всего процесса интерактивного редактирования можно найти, нажав ниже:

Наконец, рекомендуется объединить директиву notebook с директивой conda (см. Интегрированное управление пакетами), чтобы определить используемый программный стек.По крайней мере, этот программный стек должен содержать jupyter и используемый язык (например, Python или R). В приведенном выше случае это означает

 привет:
    выход:
        "test.txt"
    conda:
        "envs / hello.yaml"
    ноутбук:
        "блокноты / hello.py.ipynb"
 

с

 каналов:
  - конда-кузница
зависимости:
  - python = 3.8
  - jupyter = 1.0
  - jupyterlab_code_formatter = 1.4
 

Последняя зависимость рекомендуется для включения автоформатирования ячеек записной книжки при редактировании.При использовании в записной книжке других языков, кроме Python, необходимо дополнительно добавить соответствующее ядро, например r-irkernel для поддержки R.

Защищенные и временные файлы

Для конкретного выходного файла может потребоваться огромное количество времени вычислений. Следовательно, можно захотеть защитить его от случайного удаления или перезаписи. Snakemake позволяет это сделать, пометив такой файл как protected :

 ИМЯ правила:
    Вход:
        "путь / к / входному файлу"
    выход:
        защищенный ("путь / к / выходному файлу")
    оболочка:
        "somecommand {вход} {выход}"
 

Защищенный файл будет защищен от записи после выполнения правила, которое его создает.

Кроме того, выходной файл, помеченный как temp , удаляется после выполнения всех правил, использующих его в качестве входных:

 ИМЯ правила:
    Вход:
        "путь / к / входному файлу"
    выход:
        temp ("путь / к / выходному файлу")
    оболочка:
        "somecommand {вход} {выход}"
 

Каталоги как выходы

Иногда бывает удобно иметь каталоги, а не файлы, в качестве выходных данных правила. Начиная с версии 5.2.0, каталоги как выходы должны быть явно помечены каталогом .Это в первую очередь из соображений безопасности; поскольку все выходные данные удаляются до выполнения задания, мы не хотим рисковать удалением важных каталогов, если пользователь допустит ошибку. Пометка вывода как каталог делает намерение понятным, и вывод может быть безопасно удален. Другая причина заключается в том, как работает время модификации каталогов. Время модификации каталога изменяется при добавлении, удалении или переименовании файла или подкаталога. Это может легко произойти непредвиденным образом, например, когда Apple macOS или MS Windows добавит .Файлы DS_Store или thumbs.db для хранения параметров отображения содержимого каталога. Когда используется флаг каталога , в выходном каталоге создается скрытый файл с именем .snakemake_timestamp , и время модификации этого файла используется при определении актуальности вывода правила или необходимости его повторного запуска. Прежде чем прибегать к использованию каталога () , всегда учитывайте, не можете ли вы сформулировать свой рабочий процесс, используя обычные файлы.

 ИМЯ правила:
    Вход:
        "путь / к / входному файлу"
    выход:
        каталог ("путь / к / выходной каталог")
    оболочка:
        "somecommand {вход} {выход}"
 

Игнорирование отметок времени

Для определения необходимости повторного создания выходных файлов Snakemake проверяет, является ли дата модификации файла (то есть временная метка) любого входного файла того же задания новее, чем временная метка выходного файла. Это поведение можно изменить, пометив входной файл как древний .Метка времени таких файлов игнорируется и всегда считается старше, чем любой из выходных файлов:

 ИМЯ правила:
    Вход:
        древний ("путь / к / входному файлу")
    выход:
        "путь / к / выходному файлу"
    оболочка:
        "somecommand {вход} {выход}"
 

Здесь это означает, что файл path / to / outputfile не будет запускаться для повторного создания после того, как он был однажды сгенерирован, даже если входной файл будет изменен в будущем. Обратите внимание, что любой флаг, который вызывает повторное создание файлов, по-прежнему применяется к файлам, помеченным как древний .

Теневые правила

Теневые правила приводят к тому, что каждое выполнение правила выполняется в изолированных временных каталогах. Этот «теневой» каталог содержит символические ссылки на файлы и каталоги в текущем рабочем каталоге. Это полезно для запуска программ, которые генерируют множество неиспользуемых файлов, которые вы не хотите вручную очищать в рабочем процессе snakemake. Это также может быть полезно, если вы хотите поддерживать чистоту рабочего каталога во время выполнения программы или упростить рабочий процесс, не беспокоясь об уникальных именах файлов для всех выходных данных всех правил.

При установке shadow: "shallow" файлы и каталоги верхнего уровня связаны символическими ссылками, так что любые относительные пути в подкаталоге будут реальными путями в файловой системе. Параметр shadow: "full" полностью затеняет всю структуру подкаталогов текущего рабочего каталога. Параметр shadow: «минимальный» только символически связывает входные данные с правилом. После успешного выполнения правила выходной файл будет перемещен, если необходимо, на реальный путь, как указано выходными данными .

Как правило, вам не нужно изменять правило для совместимости с shadow , если вы не ссылаетесь на родительские каталоги, относящиеся к вашему рабочему каталогу в правиле.

 ИМЯ правила:
    ввод: "путь / к / входному файлу"
    вывод: "путь / к / выходному файлу"
    тень: "мелкая"
    оболочка: "somecommand --other_outputs other.txt {input} {output}"
 

Теневые каталоги хранятся по одному на выполнение правила в .snakemake / shadow / и очищаются при успешном выполнении.Подумайте о том, чтобы время от времени использовать аргумент --cleanup-shadow , чтобы удалить все оставшиеся теневые каталоги из прерванных заданий. Базовый теневой каталог можно изменить с помощью аргумента командной строки --shadow-prefix .

Флаговые файлы

Иногда необходимо принудительно установить порядок выполнения правил без реальных файловых зависимостей. Этого можно добиться, «прикоснувшись» к пустым файлам, которые означают, что определенная задача была выполнена. Snakemake поддерживает это с помощью флага touch :

 правят все:
    ввод: «mytask.сделано"

правило mytask:
    вывод: touch ("mytask.done")
    оболочка: "mycommand ..."
 

С флагом touch Snakemake касается (т. Е. Создает или обновляет) файл mytask.done после успешного завершения mycommand .

Свойства вакансии

При выполнении рабочего процесса в кластере с использованием параметра --cluster (см. Ниже) Snakemake создает сценарий задания для каждого выполняемого задания. Затем этот сценарий вызывается с помощью предоставленной команды отправки кластера (например,г. qsub ). Иногда вы хотите предоставить настраиваемую оболочку для команды отправки кластера, которая определяет дополнительные параметры. Поскольку это может быть основано на свойствах задания, Snakemake сохраняет свойства задания (например, имя правила, потоки, входные файлы, параметры и т. Д.) Как JSON внутри скрипта задания. Для удобства существует функция синтаксического анализатора snakemake.utils.read_job_properties , которая может использоваться для доступа к свойствам. Ниже показан пример оболочки для отправки задания:

 #! / Usr / bin / env python3
импорт ОС
import sys

из змеевика.утилиты импорт read_job_properties

jobscript = sys.argv [1]
job_properties = read_job_properties (сценарий вакансии)

# делаем что-нибудь полезное с потоками
thread = job_properties [потоки]

# свойство доступа, определенное в файле конфигурации кластера (Snakemake> = 3.6.0)
job_properties ["кластер"] ["время"]

os.system ("qsub -t {потоки} {скрипт}". формат (потоки = потоки, скрипт = скрипт задания))
 

Функции как входные файлы

Вместо указания строк или списков строк в качестве входных файлов snakemake также может использовать функции, которые возвращают отдельные или списки входных файлов:

 def myfunc (подстановочные знаки):
    возвращение [... список входных файлов в зависимости от заданных подстановочных знаков ...]

правило:
    ввод: myfunc
    вывод: "someoutput. {somewildcard} .txt"
    оболочка: "..."
 

Функция должна принимать единственный аргумент, который будет объектом подстановочных знаков, сгенерированным в результате применения правила для создания некоторых запрошенных выходных файлов. Обратите внимание, что вы также можете использовать лямбда-выражения вместо полных определений функций. Таким образом, правила могут иметь совершенно разные входные файлы (как по форме, так и по количеству) в зависимости от предполагаемых подстановочных знаков.Например. вы можете назначать входные файлы, которые появляются в совершенно разных частях вашей файловой системы, на основе некоторого значения подстановочного знака и словаря, который сопоставляет значение подстановочного знака с путями к файлам.

Обратите внимание, что функция будет выполнена при оценке правила и до того, как рабочий процесс фактически начнет выполняться. Также обратите внимание, что использование функции в качестве входных данных отменяет стандартный механизм замены подстановочных знаков их значениями, полученными из выходных файлов. Вы должны сами позаботиться об этом с помощью данного объекта подстановочных знаков.

Наконец, при реализации функции ввода рекомендуется убедиться, что она может правильно обрабатывать все возможные значения подстановочных знаков, которые может иметь ваше правило. В частности, входные файлы не следует объединять с очень общими правилами, которые можно применять для создания практически любого файла: Snakemake попытается применить правило и сообщит об исключениях вашей функции ввода как об ошибках.

Для практического примера см. Учебное пособие по Snakemake (Шаг 3: Функции ввода).

Функции ввода и

 def myfunc (подстановочные знаки):
    return {'foo': '{wildcards.token} .txt'.format (wildcards = wildcards)

правило:
    ввод: распаковать (myfunc)
    вывод: "someoutput. {токен} .txt"
    оболочка: "..."
 

 def myfunc1 ():
    return ['foo.txt']

def myfunc2 ():
    return {'foo': 'nowildcards.txt'}

правило:
    Вход:
        * myfunc1 (),
        ** myfunc2 (),
    выход: "..."
    оболочка: "..."
 

:
    Вход:   ...
    выход:  ...
    версия: "1.0"
    оболочка:   ...
 

 SOMECOMMAND_VERSION = subprocess.check_output ("somecommand --version", оболочка = True)

правило:
    версия: SOMECOMMAND_VERSION
 

 SOMECOMMAND_VERSION = str (os.path.getmtime ("путь / к / somescript"))

правило:
    версия: SOMECOMMAND_VERSION
 

 $ snakemake -R `snakemake --list-version-changes`
 

 $ snakemake -R `snakemake --list-code-changes`
 

 при успехе:
    print («Рабочий процесс завершен, ошибок нет»)

onerror:
    print («Произошла ошибка»)
    shell ("mail -s" произошла ошибка "[email protected] <{log}")
 

 правило а:
    ввод: «путь / к / входу»
    вывод: "путь / к / выходу"
    оболочка:  ...

Правило б:
    ввод: rules.a.output
    вывод: «путь / к / выходу / из / b»
    оболочка:  ...
 

 правило а:
    ввод: «путь / к / входу»
    вывод: a = "путь / к / выходу", b = "путь / к / выходу2"
    оболочка:  ...

Правило б:
    ввод: rules.a.output.a
    вывод: «путь / к / выходу / из / b»
    оболочка:  ...
 

 ruleorder: правило1> правило2> правило3
 

 $ snakemake - разрешить двусмысленность
 

 localrules: all, foo

править всем:
    Вход: ...

Правило foo:
    ...

панель правил:
    ...
 

 правило benchmark_command:
    Вход:
        "путь / к / input. {sample} .txt"
    выход:
        "путь / к / выходу. {образец} .txt"
    ориентир:
        "benchmarks / somecommand / {sample} .tsv"
    оболочка:
        "somecommand {вход} {выход}"
 

 правило benchmark_command:
    Вход:
        "путь / к / input. {sample} .txt"
    выход:
        "путь / к / выходу. {образец}.текст"
    ориентир:
        repeat ("benchmarks / somecommand / {sample} .tsv", 3)
    оболочка:
        "somecommand {вход} {выход}"
 

 правят все:
    Вход:
        "собрал / все.текст"


разделение правил:
    выход:
        scatter.split ("разделенный / {scatteritem} .txt")
    оболочка:
        "сенсорный {вывод}"


промежуточное правило:
    Вход:
        "splitted / {scatteritem} .txt"
    выход:
        "разделенный / {scatteritem} .post.txt"
    оболочка:
        "cp {input} {output}"


Правило собирать:
    Вход:
        gather.split ("разделенный / {scatteritem} .post.txt")
    выход:
        "собрал / all.txt"
    оболочка:
        "кот {вход}> {выход}"
 

 snakemake --set-scatter split = 2
 

 образцов = [1,2,3,4,5]


править всем:
    Вход:
        "протестировать"


Правило а:
    выход:
        "a / {sample} .out"
    группа: "mygroup"
    оболочка:
        "сенсорный {вывод}"


Правило б:
    Вход:
        "образец}.вне"
    выход:
        "b / {sample} .out"
    группа: "mygroup"
    оболочка:
        "сенсорный {вывод}"


Правило c:
    Вход:
        expand ("b / {sample} .out", sample = samples)
    выход:
        "протестировать"
    оболочка:
        "сенсорный {вывод}"
 

 правят все:
    Вход:
        expand ("test. {i} .out", i = range (2))


Правило а:
    выход:
        труба ("test. {i} .txt")
    оболочка:
        "for i in {{0..2}}; do echo {wildcards.i} >> {output}; done"


Правило б:
    Вход:
        "контрольная работа.{i} .txt "
    выход:
        "test. {i} .out"
    оболочка:
        "grep {wildcards.i} <{ввод}> {вывод}"
 

 из snakemake.utils import Paramspace
импортировать панд как pd

# объявляем фрейм данных параметром
paramspace = Paramspace (pd.read_csv ("params.tsv", sep = "\ t"))


править всем:
    Вход:
        # Агрегировать по всему пространству параметров (или его подмножеству, если необходимо)
        # конечно, что-то подобное может произойти где угодно в рабочем процессе (не
        # только в конце).развернуть ("результаты / графики / {params} .pdf", params = paramspace.instance_patterns)


Правило имитировать:
    выход:
        # отформатируйте подстановочный знак, например "alpha ~ {alpha} / beta ~ {beta} / gamma ~ {gamma}"
        # в путь к файлу, где альфа, бета, гамма - столбцы фрейма данных
        f "результаты / моделирование / {paramspace.wildcard_pattern} .tsv"
    параметры:
        # автоматически переводить значения подстановочных знаков в экземпляр пространства параметров
        # в виде dict (здесь: {"alpha": ..., "beta": ..., "gamma": ...})
        имитация = paramspace.instance
    сценарий:
        "scripts / simulate.py"


сюжет правила:
    Вход:
        f "результаты / моделирование / {paramspace.wildcard_pattern} .tsv"
    выход:
        f "результаты / участки / {paramspace.wildcard_pattern} .pdf"
    оболочка:
        "сенсорный {вывод}"
 

 альфа бета гамма
1.0 0.1 0,99
2,0 0,0 3,9
 

 [Пт 27 ноя, 20:57:27 2020]
Правило имитировать:
    вывод: результаты / моделирование / альфа ~ 2,0 / бета ~ 0,0 / гамма ~ 3.9.tsv
    jobid: 4
    подстановочные знаки: альфа = 2,0, бета = 0,0, гамма = 3,9

[Пт 27 ноя, 20:57:27 2020]
Правило имитировать:
    вывод: результаты / моделирование / альфа ~ 1.0 / бета ~ 0.1 / гамма ~ 0.99.tsv
    jobid: 2
    подстановочные знаки: альфа = 1,0, бета = 0,1, гамма = 0,99

[Пт 27 ноя, 20:57:27 2020]
сюжет правила:
    ввод: результаты / моделирование / альфа ~ 2.0 / бета ~ 0,0 / гамма ~ 3.9.tsv
    вывод: results / plots / alpha ~ 2.0 / beta ~ 0.0 / gamma ~ 3.9.pdf
    jobid: 3
    подстановочные знаки: альфа = 2,0, бета = 0,0, гамма = 3,9


[Пт 27 ноя, 20:57:27 2020]
сюжет правила:
    ввод: результаты / моделирование / альфа ~ 1.0 / бета ~ 0.1 / гамма ~ 0.99.tsv
    вывод: results / plots / alpha ~ 1.0 / beta ~ 0.1 / gamma ~ 0.99.pdf
    jobid: 1
    подстановочные знаки: альфа = 1,0, бета = 0,1, гамма = 0,99


[Пт 27 ноя, 20:57:27 2020]
localrule все:
    ввод: results / plots / alpha ~ 1.0 / beta ~ 0.1 / gamma ~ 0.99.pdf, results / plots / alpha ~ 2.0 / beta ~ 0.0 / гамма ~ 3.9.pdf
    jobid: 0
 

 контрольно-пропускной пункт несколько шагов:
    Вход:
        "образцы / {образец} .txt"
    выход:
        "somestep / {образец} .txt"
    оболочка:
        "somecommand {input}> {output}"
 

 checkpoints.somestep.get (sample = "a"). Output
 

 # целевое правило для определения желаемого конечного результата
править всем:
    Вход:
        "агрегированный / a.txt",
        "агрегированный / b.txt"


# контрольная точка, которая должна запускать повторную оценку DAG
контрольно-пропускной пункт somestep:
    Вход:
        "образцы / {образец} .txt"
    выход:
        "somestep / {образец} .txt"
    оболочка:
        # имитировать какое-то выходное значение
        "echo {wildcards.sample}> somestep / {wildcards.образец} .txt "


# промежуточное правило
промежуточное правило:
    Вход:
        "somestep / {образец} .txt"
    выход:
        "сообщение / {образец} .txt"
    оболочка:
        "сенсорный {вывод}"


# альтернативное промежуточное правило
правило alt_intermediate:
    Вход:
        "somestep / {образец} .txt"
    выход:
        "alt / {образец} .txt"
    оболочка:
        "сенсорный {вывод}"


# функция ввода для агрегата правил
def aggregate_input (подстановочные знаки):
    # решение на основе содержимого выходного файла
    # Важно: используйте метод open () возвращенного файла!
    # Таким образом, Snakemake может автоматически загружать файл, если он сгенерирован в
    # облачная среда без общей файловой системы.с checkpoints.somestep.get (sample = wildcards.sample) .output [0] .open () как f:
        если f.read (). strip () == "a":
            вернуть "post / {sample} .txt"
        еще:
            вернуть "alt / {sample} .txt"


совокупность правил:
    Вход:
        aggregate_input
    выход:
        "агрегированный / {образец} .txt"
    оболочка:
        "сенсорный {вывод}"
 

 # целевое правило для определения желаемого конечного результата
править всем:
    Вход:
        "агрегированный / a.txt",
        "агрегированный / b.txt"


# контрольная точка, которая должна запускать повторную оценку DAG
кластеризация контрольных точек:
    Вход:
        "образцы / {образец}.текст"
    выход:
        кластеры = каталог ("кластеризация / {образец}")
    оболочка:
        "mkdir clustering / {wildcards.sample};"
        "for i in 1 2 3; do echo $ i> clustering / {wildcards.sample} / $ i.txt; done"


# промежуточное правило
промежуточное правило:
    Вход:
        "кластеризация / {образец} / {i} .txt"
    выход:
        "post / {sample} / {i} .txt"
    оболочка:
        "cp {input} {output}"


def aggregate_input (подстановочные знаки):
    checkpoint_output = checkpoints.clustering.get (** подстановочные знаки) .output [0]
    return expand ("post / {sample} / {i}.текст",
           sample = wildcards.sample,
           i = glob_wildcards (os.path.join (checkpoint_output, "{i} .txt")). i)


# агрегация по всем созданным кластерам
совокупность правил:
    Вход:
        aggregate_input
    выход:
        "агрегированный / {образец} .txt"
    оболочка:
        "кот {вход}> {выход}"
 

Здесь наша контрольная точка имитирует кластеризацию. Мы делаем вид, что количество кластеров заранее неизвестно. Следовательно, контрольная точка определяет только выходной каталог . Агрегат правила снова использует объект контрольных точек для получения выходных данных контрольной точки.На этот раз вместо того, чтобы явно писать

 checkpoints.clustering.get (sample = wildcards.sample) .output [0]
 

мы используем сокращение

 checkpoints.clustering.get (** подстановочные знаки) .output [0]
 

, который автоматически распаковывает подстановочные знаки как аргументы ключевого слова (это стандартная распаковка аргументов python). Если контрольная точка еще не была выполнена, доступ к checkpoints.clustering.get (** wildcards) гарантирует, что Snakemake записывает контрольную точку как прямую зависимость от агрегата правила .По завершении контрольной точки функция ввода повторно оценивается, и выполняется код за пределами ее первой строки. Здесь мы получаем значения подстановочного знака i на основе всех файлов с именем {i} .txt в выходном каталоге контрольной точки. Эти значения затем используются для расширения шаблона "post / {sample} / {i} .txt" , так что промежуточное правило выполняется для каждого из определенных кластеров.

Правило наследования

со змеиным созданием 6.0 и более поздних версий можно наследовать от ранее определенных правил или, другими словами, повторно использовать существующее правило измененным способом. Это работает с помощью оператора use rule , который также позволяет объявлять использование правил из внешних модулей (см. Модули). Рассмотрим следующий пример:

 правило а:
    выход:
        "протестировать"
    оболочка:
        "эхо-тест> {вывод}"


используйте правило a как b с:
    выход:
        "test2.out"
 

Как видно, мы сначала объявляем правило a, а затем повторно используем правило a как правило b, изменяя при этом только выходной файл и сохраняя все остальное без изменений.На самом деле часто можно изменить больше. Аналогично правилу использования из внешних модулей, любые свойства правила ( вход , выход , журнал , параметры , тест , потоков , ресурсы и т. Д.) изменен, за исключением фактического шага выполнения ( shell , notebook , script , cwl или run ). Все неизмененные свойства наследуются от родительского правила.

Доступ к дополнительным исходным файлам

 правило а:
    выход:
        "протестировать"
    параметры:
        json = workflow.source_path ("../ resources / test.json")
    оболочка:
        "somecommand {params.json}> {output}"